Tag Archives: analyse discriminante

L’article “In situ LIBS as a tool to discriminate on field volcanic rocks and magmatic series, Iceland” par Clément Roux publié dans Spectrochimica Acta part B.

O. Musset et J. Rakovský mesurent un échantillon avec la LIBS

O. Musset et J. Rakovský mesurent un échantillon avec la LIBS

pdfL’article “In situ LIBS as a tool to discriminate on field volcanic rocks and magmatic series, Iceland” par Roux, C.P.M., Rakovský, J., Musset, O., Monna, F., Buoncristiani, J.-F., Pellenard, P., Thomazo, C. vient d’être publié dans Spectrochimica Acta part B,  2015, 103-104, 63-69.

Cette étude, publiée par Clément Roux (clement.roux@u-bourgogne.fr, doctorant au laboratoire interdisciplinaire Carnot de Bourgogne) et collaborateurs, a pour but d’évaluer les potentialités d’une LIBS portable pour trier les roches appartenant à différentes séries magmatiques. Au total, 19 raies atomiques sur 21 échantillons ont été mesurées in-situ lors d’une mission en Islande (voir le film et le diaporama). Les concentrations élémentaires ont, quant à elles, été mesurées de retour au laboratoire par des méthodes plus conventionnelles (ICPAES/ICPMS). Sur la base de ces dernières, 3 groupes de roches sont construits. Si une procédure statistique adaptée est appliquée aux données laser le pouvoir de classification de la LIBS est excellent (90%-100% de succès). Au final, bien que la LIBS ne permette pas une analyse quantitative, cet instrument possède de grandes qualités pour les investigations géologiques de terrain. Read more »

Humanités numériques- M2 ACTAGE

Introduction à la morphométrie géométrique

Introduction

  • Problématique archéologique
  • Plusieurs types de variables
  • Ce qui nous intéresse ici: la forme

Collecter les données

  • Distances, angles, etc…
  • Contours ouverts
  • Contours fermés
  • Points homologues

 Préparation et production des données

  • Bookstein registration
  • Méthodes Procrustes
  • Techniques de régression
  • Méthodes de type Fourier

 Traitement des données (deux techniques parmi d’autres)

  • Analyse en composantes principales, espace morphologique
  • Analyse discriminante

Le matériel

Le cours en ppt (1/2) ; Le cours en ppt (2/2)

Points homologues et monnaies: la feuille de TP ;  Statere.zip

Pour plus d’informations sur l’ACP et la LDA: TD optionnel ACP (1/2) ; TD optionnel LDA (2/2)

Jeu additionnel de données: Monnaies.zip

Les articles sur les haches à talon: JAS2009 ; JAS2013

L’article sur les poteries: JAS 2014

Le jeu de données et la feuille du contrôle continu 2021-2022: CC_morphometrie


Ressources indispensables et liens

Pour les étudiants n’ayant pas de formations préalables en statistiques et/ou sur R, il est indispensable de lire attentivement ces deux documents avant la première séance de TP:

R pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Statistiques pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).

Dès la première séance de TP, les logiciels R et RStudio devront être installés (dans cet ordre) sur vos machines personnelles. La vidéo ci-dessous décrit brièvement les principales étapes de l’installation (en cas de besoin), mais aussi l’interface de RStudio (pour les novices).

Comment installer R et RStudio!

Les packages shapes, geomorph et Morpho devront être installés (tuto ici en cas de problèmes).


Ressources utiles et liens

Aide-mémoire de statistiques appliquées à la biologie (lien ou pdf)

Statistiques avec R. Un site très bien fait sur l’utilisation de R, illustré par de nombreux exemples (ici).

Le logiciel MorphoJ: ici


Bibliographie générale

Morphometrics with R, Julien Claude, Relié: 318 p, Editeur: Springer, Langue: Anglais.

Un excellent livre qui a servi à l’élaboration de ce cours. Un ouvrage a recommander. Nécessite quelques connaissances de base en mathématiques et statistiques.

Morphometrics for Nonmorphometricians, Elewa, Ashraf M.T. et al., Relié, 367 pp, Editeur : Springer, Langue: Anglais.

Un bon livre d’introduction à la morphométrie. Attention l’aspect mathématique n’est que peu exposé. Des exemples archéologiques sont présentés.

An Introduction to Applied Multivariate Analysis with R, Everitt, Brian, Hothorn, Torsten, Relié: 274 pp, Editeur: Springer, Langue: Anglais.

Un très bon livre sur les statistiques multivariées et leur mise en place sur le logiciel R. Un ouvrage (presque) indispensable.