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Humanités numériques- M2 ACTAGE

Introduction à la morphométrie géométrique

Introduction

  • Problématique archéologique
  • Plusieurs types de variables
  • Ce qui nous intéresse ici: la forme

Collecter les données

  • Distances, angles, etc…
  • Contours ouverts
  • Contours fermés
  • Points homologues

 Préparation et production des données

  • Bookstein registration
  • Méthodes Procrustes
  • Techniques de régression
  • Méthodes de type Fourier

 Traitement des données (deux techniques parmi d’autres)

  • Analyse en composantes principales, espace morphologique
  • Analyse discriminante

Le matériel

Le cours en ppt (1/2) ; Le cours en ppt (2/2)

Points homologues et monnaies: la feuille de TP ;  Statere.zip

Pour plus d’informations sur l’ACP et la LDA: TD optionnel ACP (1/2) ; TD optionnel LDA (2/2)

Jeu additionnel de données: Monnaies.zip

Les articles sur les haches à talon: JAS2009 ; JAS2013

L’article sur les poteries: JAS 2014

Le jeu de données et la feuille du contrôle continu 2021-2022: CC_morphometrie


Ressources indispensables et liens

Pour les étudiants n’ayant pas de formations préalables en statistiques et/ou sur R, il est indispensable de lire attentivement ces deux documents avant la première séance de TP:

R pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Statistiques pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).

Dès la première séance de TP, les logiciels R et RStudio devront être installés (dans cet ordre) sur vos machines personnelles. La vidéo ci-dessous décrit brièvement les principales étapes de l’installation (en cas de besoin), mais aussi l’interface de RStudio (pour les novices).

Comment installer R et RStudio!

Les packages shapes, geomorph et Morpho devront être installés (tuto ici en cas de problèmes).


Ressources utiles et liens

Aide-mémoire de statistiques appliquées à la biologie (lien ou pdf)

Statistiques avec R. Un site très bien fait sur l’utilisation de R, illustré par de nombreux exemples (ici).

Le logiciel MorphoJ: ici


Bibliographie générale

Morphometrics with R, Julien Claude, Relié: 318 p, Editeur: Springer, Langue: Anglais.

Un excellent livre qui a servi à l’élaboration de ce cours. Un ouvrage a recommander. Nécessite quelques connaissances de base en mathématiques et statistiques.

Morphometrics for Nonmorphometricians, Elewa, Ashraf M.T. et al., Relié, 367 pp, Editeur : Springer, Langue: Anglais.

Un bon livre d’introduction à la morphométrie. Attention l’aspect mathématique n’est que peu exposé. Des exemples archéologiques sont présentés.

An Introduction to Applied Multivariate Analysis with R, Everitt, Brian, Hothorn, Torsten, Relié: 274 pp, Editeur: Springer, Langue: Anglais.

Un très bon livre sur les statistiques multivariées et leur mise en place sur le logiciel R. Un ouvrage (presque) indispensable.