Géochonologie L3 STE
Radiochronologie Sm/Nd & U/Pb
TD Sm/Nd & U/Pb
Correction TD – Exercice 1 (vidéo sur CASIO)
Statistiques M1 AGES
Répondre aux questions énoncées en cours à partir des jeux de données suivant:
Le matériel (promotion 2012-2013)
L’étude sur les truites pour le principe: pdf
Le projet de thèse d’Estelle Camizuli: pdf
La vidéo du terrain des M2 AGE (promotion 2010-2011). La vidéo de la campagne de pêche électrique.
Un exemple d’utilisation du test de Kruskal-Wallis avec comparaisons post-hoc: pdf
exercice M1 AGES 2013
Le matériel (promotion 2013-2014)
Les lichens, généralités: ici
Un exemple d’utilisation au Maroc: ici
Exercice M1 AGES 2014
Le matériel (promotion 2014-2015)
Exercice M1 AGES 2015
Ressources et liens
Pour des explications détaillées sur les procédures statistiques en général, se référer aux enseignements de L1 et L2 (menu Enseignment puis Licence 1 STE ou Licence 2 STE du présent site).
Se référer également aux livres suivants:
Statistiques pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Aide-mémoire de statistiques appliquées à la biologie (lien ou pdf)
De nombreux autres livres ou sites peuvent être consultés gratuitement sur internet. En outre Wikipédia met à disposition une information de qualité sur les tests statistiques.
En pratique, l’exercice peut être réalisé à l’aide de nombreux logiciels
Le logiciel R (gratuit):
R pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Statistiques avec R.Un site très bien fait sur l’utilisation de R, illustré par de nombreux exemples (ici).
Télécharger le logiciel R
Télécharger l’éditeur Tinn-R
Le logiciel StatsDirect (essai gratuit possible):
Télécharger StatsDirect
Le logiciel PAST (gratuit)
Télécharger PAST
Ou de nombreux autres logiciels gratuits dont la liste peut être trouvée ici.
Introduction à l’utilisation du logiciel libre R (15h TD)
Séances 1-2
Introduction à R
- Manipulation des objets
- Vecteurs et matrices
Statistiques descriptives
- Tendance centrale
- Dispersion
- Tables
- Premiers graphiques
Intervalles de confiance
- Intervalle de confiance de la moyenne sous la loi normale
- Intervalle de confiance de la médiane
- Intervalle de confiance d’un pourcentage
- Intervalle de confiance par bootstrap
Comparaison de moyennes
- Comparaison de deux moyennes (n grand ou lois normales)
- Comparaison de deux moyennes (n grand et séries appariées)
- Comparaison de deux moyennes (n petits et variables ne suivant pas une loi normale)
- Comparaison de deux moyennes (échantillons appariés et ne suivant pas une loi normale)
- Comparaison simultanée de plus de deux moyennes: l’ANOVA (n grand ou échantillons suivant une loi normale)
- Comparaison simultanée de plus de deux moyennes: Le test de Kruskal Wallis (n petit ou échantillons ne suivant une loi normale).
Comparaison de pourcentages
- Comparaison d’un pourcentage observé avec un pourcentage théorique.
- Comparaison d’une distribution observée avec une distribution théorique.
- Comparaison entre elles de plusieurs distributions observées.
Mesure de la liaison entre variables quantitatives
Séance 3
Un cas réel: prospection géochimique autour de Bibracte
-
Installation d’un package
-
Modification des fonctions implémentées
-
Transfert des graphes vers Word
Le matériel
Les fichiers a télécharger:
TD1-2
TD 3
TD4
Controle continu
Ressources et liens
R pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Statistiques pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Aide-mémoire de statistiques appliquées à la biologie (lien ou pdf)
Statistiques avec R.Un site très bien fait sur l’utilisation de R, illustré par de nombreux exemples (ici).
Le logiciel R
Le logiciel Tinn-R
Le logiciel RStudio
Bibliographie générale
Selon votre niveau, et compte tenu de la diversité des origines des M2 AGE, je ne peux que vous recommander une visite des pages dédiées aux L1 et L2 ST où les statistiques descriptives, la théorie de l’échantillonnage, les tests paramétriques et non-paramétriques, et les techniques de régression sont détaillées.
En outre, de très nombreux manuels de statistiques existent. Dans la mesure du possible, privilégiez les livres écrits pour les biologistes, qui sont souvent plus digestes que ceux publiés pour les mathématiciens.
Voici une liste non exhaustive de bons livres pour maitriser le logiciel R:
Statistiques avec R, Pierre-André Cornillon, Relié: 276 pages, Editeur : Presses Universitaires de Rennes, Langue : Français
Analyse de données avec R, François Husson, Sébastien Lê et Jérôme Pagès, Relié: 226 pages, Editeur : Presses Universitaires de Rennes, Langue : Français
Régression avec R, Pierre-André Cornillon et Eric Matzner-Lober, Relié: 242 pages, Editeur : Springer, Paris, Langue : Français
Statistical data analysis explained. Applied Environmental Statistics with R., Clemens Reimann, Peter Fitzmoser, Robert Garrett, Rudolf Dutter, Relié: 362 pages, Editeur : Wiley, Langue : Anglais
Data Analysis and Graphics Using R: An Example-based Approach., John Maindonald and John Braun, Relié: 525 pages, Editeur : Cambridge, Langue : Anglais.
Bibliographie spécialisée
Introduction to Geological Data Analysis, A.R.H. Swan, M. Sandilands , 446 pages, Editeur : Blackwell Sciences, Langue : Anglais
Très bon livre dédié aux géologues et environnementalistes. Les procédures sont détaillées à partir de problèmes concrets. Très utile également pour les archéologues et les étudiants issus de Vigne et Vin. Malheureusement épuisé.
Statistics and data analysis in Geology, John C. Davis, 638 pages, Editeur : J. Wiley, Langue : Anglais
Très bon livre comme le Swan et Sandilands, excepté que celui là est disponible. Plutôt cher (aux alentours de 150$), il constitue néanmoins un bon investissement pour l’avenir.
Statistics in archaeology, Michael Baxter, 291 pages, Editeur : Arnold Applications of statistics, Langue : Anglais
Très bon livre qui montre comment des techniques de pointe (de statistiques) peuvent être appliquées à l’archéologie. Attention, les procédures ne sont pas réellement détaillées! Une connaissance préalable assez poussée est requise.
Pratique archéologique statistique et graphique, Robert Chenorkian, 140 pages, Editeur : Errance, Langue : Français. Un livre épuisé dont on peut s’économiser la lecture. Mieux vaut privilégier les ouvrages cités au dessus.
[ARCHIVE] Introduction aux plans d’expériences (2h CM / 2h TD)
- Problématique
- Notion d’espace expérimental
- Plans factoriels complets à deux niveaux: 2k
Plan à deux facteurs
Plan à trois facteurs
Un exemple de plan à cinq facteurs
Notation matricielle
- Plans factoriels fractionnaires à deux niveaux: 2k-p
Construction des plans fractionnaires
Groupe des générateurs d’aliases
Calcul des contrastes
Technique pour désaliaser
Le matériel
Le cours en ppt
Le TD
La correction du TD
Ressources et liens
Tutorial de Jacques Goupy sur les plans d’expériences publié la revue MODULAD (2006), no 34 [pdf].
Livre de statistiques de Pierre Dagnelie sur les principes d’expérimentation (ici)
Bibliographie générale
Ce cours a été préparé sur la base du livre de Jacques Goupy et Lee Creighton, un livre assez simple qui introduit les plans d’expériences et dont je vous recommande la lecture.
Introduction aux plan d’expériences, Jacques Goupy, Lee Creighton, 322 pages, Editeur : Dunod, l’Usine Nouvelle, Langue : Français
Pratiquer les plan d’expériences, Jacques Goupy, 552 pages, Editeur : Dunod, Langue : Français
Plus dur à suivre, plus cher mais à lire si vous avez besoin des plans d’expériences dans le futur.
Bibliographie spécialisée
Introduction to Geological Data Analysis, A.R.H. Swan, M. Sandilands , 446 pages, Editeur : Blackwell Sciences, Langue : Anglais
Très bon livre dédié aux géologues et environnementalistes. Les procédures sont détaillées à partir de problèmes concrets. Très utile également pour les archéologues et les étudiants issus de Vigne et Vin. Malheureusement épuisé.
Statistics and data analysis in Geology, John C. Davis, 638 pages, Editeur : J. Wiley, Langue : Anglais
Très bon livre comme le Swan et Sandilands, excepté que celui là est disponible. Plutôt cher (aux alentours de 150$), il constitue néanmoins un bon investissement pour l’avenir.
TD2 – Premiers tests et intervalles de confiance avec R
Cas paramétriques
- Moyenne, écart type
- Intervalles de confiance
- Comparaison de pourcentages
- Comparaison de variances
- Comparaison de moyennes
- Régression linéaire
- ANOVA
Tests non paramétriques
- Test de Wilcoxon – U de Mann-Whitney
- Corrélation de Spearman
Le matériel
M1 tests statistiques avec R
DATA TD2 pour R
Solutions TD2 pour R
Ressources et liens
R pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Statistiques pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Aide-mémoire de statistiques appliquées à la biologie (lien ou pdf)
Statistiques avec R.Un site très bien fait sur l’utilisation de R, illustré par de nombreux exemples (ici).
Un TP particulièrement bien fait sur les tests avec R: (ici)
Le logiciel R
Le logiciel Tinn-R
Le logiciel RStudio
data.txt
ExerciceX
Statistiques (10h)
Ce cours reprend en grande partie les enseignements en statistiques délivrés en L1 et L2. Les étudiants de L3 PRO sont encouragés à visiter ces deux pages pour un complément d’information.
Intervalles de confiance & tests statistiques
- Echantilonnage, rappels
- Intervalle de confiance
Moyenne
Variance et écart type
Pourcentage
Principe
Théorie de la statistique de décision
Comparaison de deux moyennes expérimentales (grands et petits échantillons)
Comparaison de moyennes de deux échantillons appariés
Comparaison de deux fréquences expérimentales
Comparaison de deux variances expérimentales
Conditions d’utilisation
Le Chi-2
Références bibliographiques
Le matériel
Le cours en ppt, TD1/2, TD2/2
Ressources et liens
Les sites des constructeurs pour télécharger les manuels et des compléments sur l’utilisation des calculettes
TEXAS INSTRUMENTS
Le site éducation Texas Instruments
Télécharger Virtual Ti, puis intaller une ROM
Le manuel de la Ti-83 plus (ici)
CASIO
Le site éducation Casio
Télécharger l’émulateur Casio 85 SD
Le Manuel CASIO pour GRAPH 95, GRAPH 75, GRAPH 85, GRAPH 85 SD, GRAPH 35+,GRAPH 25+ PRO (ici)
Bibliographie générale
De très nombreux manuels de statistiques existent. Dans la mesure du possible, privilégiez les livres écrits pour les biologistes, qui sont souvent plus digestes que ceux publiés pour les mathématiciens.
Probabilités et statistiques, Françoise Couty, Jean Derbord, Daniel Fredon, Relié: 208 pages, Editeur : Dunod, Langue : Français
Bien fait. Des rappels de cours et de nombreux exercices corrigés. couvre le programme de L1 et L2. On peut le trouver facilement d’occasion.
Premiers pas en statistiques, Yadolah Dodge, Relié: 427 pages, Editeur : Springer, Langue : Français
Bon manuel, Couvre l’essentiel du programme de L1 et L2.
Statistiques, Larry Stephens, Relié: 538 pages, Editeur : Série Schaum, Langue : Français
Bon manuel, Couvre l’essentiel du programme de L1 et L2. Se trouve facilement d’occasion
Biostatistique pour les sciences de la vie et de la santé, Marc Trola, Relié: 745 pages, Editeur : Pearson Education, Langue : Français
Très bon manuel, Couvre l’essentiel du programme de L1 et L2. Ouvrage récent.
Bibliographie spécialisée
Practical nonparametric statistics, W.J. Conover, Relié: 589 pages, Editeur : John Wiley and Sons, Langue : Anglais
Très bon livre sur l’approche non-paramétrique. Facile à lire.
Pratique des tests nonparamétriques, P. Sprent, J.-P. Ley, Relié: 312 pages, Editeur : INRA, Langue : Français.
data.txt
ExerciceYHA
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