Tag Archives: R package

Le clip:

 

Introduction à la morphométrie géométrique

Introduction

• Problématique archéologique
• Plusieurs types de variables
• Ce qui nous intéresse ici: la forme

Collecter les données

• Distances, angles, etc…
• Contours ouverts
• Contours fermés
• Points homologues

 Préparation et production des données

• Bookstein registration
• Méthodes Procrustes
• Techniques de régression
• Méthodes de type Fourier

 Traitement des données (deux techniques parmi d’autres)

• Analyse en composantes principales, espace morphologique
• Analyse discriminante

---

---

Ressources indispensables et liens

Pour les étudiants n’ayant pas de formations préalables en statistiques et/ou sur R, il est indispensable de lire attentivement ces deux documents avant la première séance de TP:

R pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).
Statistiques pour les statophobes par Denis Poinsot (lien ou pdf).

Dès la première séance de TP, les logiciels R et RStudio devront être installés (dans cet ordre) sur vos machines personnelles. La vidéo ci-dessous décrit brièvement les principales étapes de l’installation (en cas de besoin), mais aussi l’interface de RStudio (pour les novices).

Les packages shapes, geomorph et Morpho devront être installés (tuto ici en cas de problèmes).

---

Ressources utiles et liens

Aide-mémoire de statistiques appliquées à la biologie (lien ou pdf)

Statistiques avec R. Un site très bien fait sur l’utilisation de R, illustré par de nombreux exemples (ici).

Le logiciel MorphoJ: ici

---

Bibliographie générale

Morphometrics with R, Julien Claude, Relié: 318 p, Editeur: Springer, Langue: Anglais.

Un excellent livre qui a servi à l’élaboration de ce cours. Un ouvrage a recommander. Nécessite quelques connaissances de base en mathématiques et statistiques.

Morphometrics for Nonmorphometricians, Elewa, Ashraf M.T. et al., Relié, 367 pp, Editeur : Springer, Langue: Anglais.

Un bon livre d’introduction à la morphométrie. Attention l’aspect mathématique n’est que peu exposé. Des exemples archéologiques sont présentés.

An Introduction to Applied Multivariate Analysis with R, Everitt, Brian, Hothorn, Torsten, Relié: 274 pp, Editeur: Springer, Langue: Anglais.

Un très bon livre sur les statistiques multivariées et leur mise en place sur le logiciel R. Un ouvrage (presque) indispensable.